Mitte August 2002 fiel der Name "Final Fantasy Crystal Chronicles" das erste Mal - damals war bereits bekannt, dass man es mit Game Boy Advance und Nintendo GameCube verbinden kann und dass eine Multiplayer-Funktion existiert, nachdem bereits im März desselben Jahres bekannt wurde, dass Square und Nintendo an gemeinsamen Projekten arbeiten. Somit ist das Spiel, neben Chocobo Land und Final Fantasy Tactics Advance für den GBA, der erste große Titel von Square Enix für eine Nintendo-Plattform.

Im Spiel geht es, wie der Titel bereits verrät, um Kristalle. Diese werden benötigt, um das "Miasma" von den Menschen fernzuhalten. Jedes der quer über die Weltkarte verteilten Dörfer besitzt einen Kristall, der das Dorf beschützt. Doch die Wirkung der Kristalle lässt gegen Ende eines Jahres nach, wenn nicht so genannter "Myrrhetau" gesammelt wird, mit dem der Kristall benetzt wird und somit der Schutz vor dem Miasma (bei uns früher angenommene Ausdünstungen des Bodens, die Seuchen verursachen sollten) erneuert wird.
Im Spiel begeben sich deshalb vier junge Abenteurer von ihrer Heimatstadt aus mit einer Karawane auf die Reise, die sie über Berge, durch Höhlen, Wüsten, Städte und über Ozeane führt, um den lebensnotwendigen Myrrhetau zu finden.
Es existieren zwar keine festgelegten Charaktere, dafür kann man sich diese aber mittels diverser Auswahlmöglichkeiten selbst erstellen. Dabei lassen sich die folgenden Attribute festlegen: Name, Geschlecht, Volk, Design und Beruf der Eltern. Insgesamt gibt es die vier Völker Clavat, Selkie, Lilty und Yuke, die alle unterschiedliche Stärken aufweisen - dazu mehr in der "Charaktere"-Sektion. Das unterschiedliche Design zwischen den Charakteren dient zur Variation und Unterscheidung.
Beim elterlichen Beruf existieren acht Möglichkeiten: Schmied, Müller, Schneider, Fischer, Bauer, Händler, Viehzüchter und Alchemist.
Mit unterschiedlicher Beschäftigung verändern sich persönliche Informationen und das Aussehen des Geburtshauses. Dem Beruf der Eltern entsprechend kann man Items von den Eltern erhalten oder kaufen.
Mit der Auswahl der Charaktere verändern sich auch die Vorlieben bei den Lieblingsspeisen (Fleisch, Fisch, Streifenapfel, Klingelkirsche, Sternenmöhre, Rundmais).
Jeder Charakter hat seine Vorlieben und Abneigungen - isst jemand sein Leibgericht, werden mehr HP regeneriert; hegt er allerdings eine Abneigung gegen eine bestimmte Speise, verringert sich die Anzahl der wiederhergestellten HP. Wenn man jemandem aber immer wieder Essen gibt, das ihm nicht schmeckt, wird er allmählich beginnen, es zu mögen. Die verschiedene Nahrung findet man während des Abenteuers.
Ebenso muss man festlegen, ob man den Single- oder Multiplayer-Modus des Spiels nutzt, die Story ist bei beiden Modi dieselbe. Bei Einzelabenteuern wird die Schwierigkeit durch Gegner und Ähnliches entsprechend angepasst - man spielt allerdings wirklich alleine, nicht mit computergesteuerten, weiteren Mitstreitern. In der Mehrspielervariante dürfen insgesamt vier Personen teilnehmen. Dabei ist es jedoch notwendig, den Game Boy Advance als Controller zu nutzen (dazu später mehr) - dafür lag einer limitierten Auflage des Spiels auch ein Linkkabel bei.
Einzelspieler benötigen keinen GBA, können aber mit Hilfe eines GBA verschiedene Zusatzfunktionen nutzen, die das Spielen durchaus erleichtern können. Eine nützliche Funktion ist auch die Möglichkeit, Charaktere von anderen Memorycards "einzuladen".
So kann man z.B. von vier Einzelspieler-Speicherständen jeweils die Charaktere laden und bei einem Multiplayer-Spiel weiter benutzen.
Einzige Einschränkung ist, dass Gast-Charaktere keine Briefe erhalten und nur die neu erhaltenen Artefakte mit sich nehmen können.

Nach der Introsequenz, die die Verabschiedung der Karawane aus dem Dorf zeigt, wechselt das Spiel auf eine übergeordnete Worldmap.
Links oben wird das aktuelle Spieljahr angezeigt und wie viele Jahre seit dem Aufbruch der Karawane vergangen sind, rechts davon wird der Name der Region angezeigt, die der Spieler gerade erkundet.
Rechts unten wird der Kristallkelch dargestellt, der die Menge des gesammelten Myrrhetaus anzeigt, wie auch das momentan gewählte Element des Kristallsplitters, der am Kelch angebracht ist.
Dieses Element ist wichtig, um zwischen einzelnen Teilen der Worldmap wechseln zu können. Dazu muss man "Miasma-Ströme" durchqueren, die die Weltkarte in unterschiedliche Abschnitte einteilen. Durch diese Einteilung wird in den ersten zwei Jahren des Spiels auch gesteuert, welche Dungeons (und Abschnitte der Weltkarte) der Spieler besuchen kann; dabei ist es entscheidend, ob das Element (Feuer, Wasser, Wind, Erde) des Miasmastroms mit dem Element des Kelches übereinstimmt. Falls nicht, ist eine Durchquerung des Miasmastroms unmöglich. Später jedoch wird das freie Durchqueren der Miasmaströme gewährleistet und die ganze Weltkarte ist frei begehbar.
Von der Weltkarte kann man sich zu Städten oder Dungeons bewegen, die dann geladen werden (Ladezeit von World- auf Fieldmap ca. 4 bis 5 Sekunden).
Jeder Dungeon wird mit einem vorgelesenen Tagebuch-Eintrag eingeleitet, der auf das Spielgeschehen vorbereitet und einen ersten Überblick über den Level gibt, im Anschluss daran wählt jeder Spieler die Items für den Level (später dazu mehr) und es kann wieder gespielt werden.
Da es sich um ein Action-RPG handelt, existieren zunächst einmal Echtzeit-, keine rundenbasierten Kämpfe. Durch die Verbindung mit dem GBA gibt es viele neue Gameplayelemente im Spiel, durch mehr Action in Kämpfen und der Mehrspieler-Interaktion unterscheidet sich das Spiel generell von anderen Final-Fantasy-Titeln und erinnert mehr an einen "Seiken Densetsu"-Teil.
Als Singleplayer spielt man mit dem Gamecube-Controller und kann sich über einen zusätzlich angeschlossenen GBA eine der vier möglichen Zusatzkarten anzeigen lassen. Die Art der Karte (Level-Karte, Monster-Radar, Gegner-Info, Schatz-Karte) bestimmt man über die Einfärbung des begleitenden Moogles.
Im Multiplayer-Modus zeigt der GBA neben Statuswerten des Charakters auch eine Karte des aktuellen Gebiets an, je nach Spieleranzahl werden die Karten per Zufall verteilt. Die Level-Karte zeigt neben der Umgebung auch Ein- und Ausgänge des Raumes an, der Monster-Radar markiert Gegner mit einem "x". Über den Gegner-Info-Bildschirm erfahrt ihr genaue Daten über den Gegner, zum Beispiel, wie viel HP er besitzt oder was für Items er nach seinem Tod hinterlässt. Die Schatzkarte zeigt ähnlich dem Gegner-Radar die Position der Schatztruhen im Level an.
Durch die vier Karten ist also eine umfassende Levelerkundung möglich, wenn alle vier Spieler zusammenarbeiten und ihre Informationen zum Spiel einbringen, was im Multiplayermodus eines der wichtigsten Merkmale vorwegnimmt - es ist Teamwork gefordert.
Auch die Ability-Verteilung erfolgt durch den GBA, zu der man per SELECT-Taste wechseln kann. Zu Beginn des Abenteuers habt ihr vier Kommandospalten zur Verfügung, von denen jeweils zwei für Angriff und Verteidigung vorgesehen sind - im Spielverlauf ist es möglich, die Anzahl der Spalten durch Artefakte aufzustocken. Auf die freien Kommandospalten könnt ihr Items legen, die ihr benutzen könnt, oder Zauber, die ihr anschließend ausführen wollt. Im Kampf kann man durch diese mit den L- und R-Tasten wechseln.
Während ein Mitspieler diese Abilities verteilt oder neu ordnet, folgt der Charakter automatisch dem Rest der Party.
Deshalb werden für mehrere Spieler auch die GBAs benötigt: Würde die Ability-Verwaltung auf dem TV-Bildschirm stattfinden, würden die anderen Spieler ja nichts mehr sehen. Im Singleplayer-Modus ist das natürlich kein Problem; hier kann man mit dem ganz normalen Controller auf dem Fernseher Karten anschauen und Abilities verwalten.

Hat man erst einmal die Abilities festgelegt, kann man diese natürlich nutzen. Nach dem Wählen des Zaubers kann per Betätigen der A-Taste der Zauber "geladen" werden, daraufhin erscheint ein kreisförmiger Cursor ("Target Ring") unter dem Charakter, welchen man nun steuert.
Man kann den Target Ring über das Feld bewegen und so z.B. beim Gegner platzieren. Durch Bestätigen mit der A-Taste wird daraufhin der Zauberspruch vorbereitet und an die markierte Stelle gezaubert. Dabei ist zu beachten, dass die Reichweite des Cursors abhängig vom gewählten Charaktertyp ist, so haben das Volk der Yukes und Clavats eine größere Reichweite als die anderen beiden Völker.
Während Abilities von jedem Ort vollzogen werden, muss man bei Angriffen auf die Entfernung und die richtige Position zum Gegner achten.
Wenn man die A-Taste gedrückt hält, kann man Attacken "aufladen", wodurch diese stärker werden; interessant wird dieses System vor allem im Mutiplayer-Modus, wenn Zauber und Attacken kombiniert werden können.
Dazu müssen sich die Target-Ringe mehrerer Spieler treffen und das Timing stimmen, damit stärkere Zauber gesprochen werden oder sonst nicht verfügbare Zauber verwendet werden können, so sind "Feura" oder "Feuga" erst zu zweit oder dritt möglich. Der Gravitas-Zauber hingegen kann nur mit Hilfe zweier unterschiedlicher Element-Zauber (Feuer, Eis, Blitz) verwendet werden, zu dritt oder viert können zusätzlich sehr effektive Zauber wie "Hast" oder "Hastga" möglich sein, solange das Timing stimmt.
Und schließlich kann auch ein aufgeladener Schlag mit einem Zauber kombiniert werden, der einen dementsprechen starken Schaden verursacht.
Am ungewöhnlichsten für FF-Spieler dürfte das neuartig arrangierte System der Zauber sein, denn es gibt keine Beschränkungen durch Magie-Punkte mehr. Es ist jetzt möglich, Zauber in unbegrenzter Anzahl auszuführen, dafür kann ein Zauber nur in dem Level verwendet werden, in dem er gefunden wurde. Verlässt der Spieler den Level, verliert man die gefundenen Zauber wieder, es müssen also in jedem Level die Zauber von Neuem gefunden werden. Im weiteren Spielverlauf kann man jedoch bestimmte Zauber-Ringe finden, die mit Zaubersprüchen identisch sind, aber behalten werden dürfen.
Übrigens nehmt ihr mit der B-Taste Items oder Zauber auf, die Gegner hinterlassen, oder öffnet Schatztruhen, die Geld, Items, Zauber, Skizzen oder Artefakte enthalten können.

Einem der Charaktere fällt die Aufgabe zu, den Kristallkelch zu tragen, der die Party vor dem Miasma schützt. Da die Reichweite des Kelchs eingeschränkt ist, darf man sich von selbigen nicht zu weit entfernen. Der den Kristallkelch tragende Spieler ist zudem nicht in der Lage, Gegner anzugreifen, weshalb dieser manchmal abgestellt werden muss oder man den Charakter beschützen sollte. Im Singleplayer-Modus wird der Kelch im Übrigen vom begleitenden Moogle getragen.
Es kann dem Moogle per X-Taste aber auch der Befehl geben werden, den Kelch abzulegen, damit er dem Spieler im Kampf mit Zaubern hilfreich zur Seite stehen kann. Er wird versuchen, den Spieler durch kombinierte Zauber zu helfen.
Im Multiplayer-Modus verlangt das Leveldesign stellenweise Interaktionen zwischen den Spielern. Diese werden durch kleinere "Rätsel" realisiert, beispielsweise wird an manchen Stellen verlangt, dass mehrere Schalter gleichzeitig betätigt werden, damit sich ein Tor öffnet; im Singleplayer-Modus legt man den Kelch dementsprechend auf einen der Schalter ab, als Ersatz für die fehlenden Mitspieler.
Nach dem Beenden eines Levels bekommt die Karawane einen Myrrhetau-Tropfen, drei davon entsprechen einem gefüllten Kelch. Deswegen spielt man in der Regel drei Level pro Jahr, danach kehrt die Karawane in das Heimatdorf zurück und es wird bei einer Zeremonie der Schutz des Kristalls erneut. Zudem werden alle Einträge in das Tagebuch des laufenden Jahres noch einmal angezeigt.
Hat man einen Level beendet, braucht der Myrrhebaum ein oder zwei Jahre, bis er wieder Myrrhetropfen von sich gibt, dann kann der Level wieder erfolgreich beendet werden. Dadurch, dass die wertvollen Artefakte zumeist erst bei dem zweiten oder dritten Besuch eines Levels verfügbar sind, wird im Verlauf des Spieles jeder Level mindestens dreimal besucht, es werden dann zusätzlich neue Wege frei und es warten schwerere Gegner auf den Spieler.
Ein Erfahrungspunkte-System existiert im Spiel nicht, und die Lebenspunkte werden "Zelda"-like durch kleine Herzchen symbolisiert.
Die Ausrüstung des Spielers kann per "Skizzen" verbessert werden, wobei zuerst bestimmte Gegenstände gefunden werden müssen, die zur Fertigung des Items nötig sind. Bei bestimmten Händlern in unterschiedlichen Dörfern kann dann mit der Skizze und entsprechenden Items der Ausrüstungsgegenstand gefertigt werden. Diese haben dann je nach Skizze entsprechende Vorzüge, z.B. höhere Resistenz gegen Zauber oder Statusveränderungen bei Angriffen auf Gegner.
Neben der Ausrüstung nehmen auch Artefakte Einfluss auf die Stärke des Charakters. Diese werden wie die Zauber auch in Schatztruhen gefunden und sind nur in dem entsprechenden Level verfügbar, jedoch kann nach einem erfolgreich beendeten Level ein Artefakt behalten werden, das dann für den Rest des Spiels die Charaktereigenschaften verbessert.
In diesem Zusammenhang sollte gesagt werden, dass am unteren Rand des GBA-Bildschirmes eine Bedingung (z.B. "Keine Schatztruhen öffnen", "Keine Magie benutzen", "Geld sammeln") angezeigt wird, die am Ende eines Levels abgerechnet wird und im Multiplayer-Modus somit ein "Ranking" ermöglicht. Der Sieger darf dann zuerst ein Artefakt auswählen, das er behalten will, der zweite danach usw.
Diese Artefakte können z.B. eine weitere Kommando-Spalte verfügbar machen, die Herzanzahl erweitern, hauptsächlich nehmen sie jedoch Einfluss auf die Statuswerte des Charakters. Es gibt also keine Level im konventionellen Sinne, die Erhöhung der Statuswerte erfolgt nur über die Artefakte.
Gegenstände kann man in Läden der verschiedenen Städte kaufen oder verkaufen.
Wer schnell durch das Spiel rast, ohne nach Secrets o.Ä. Ausschau zu halten, wird übrigens ca. 30 Spielstunden benötigen.
Einen Auftritt im Spiel werden zudem die aus der Final-Fantasy-Serie bekannten Moogles (JP: Mogli) haben, welche in FFCC ein wenig pummeliger, aber dennoch recht niedlich designt wurden. Sie nehmen wie in Final Fantasy IX die Funktion von Postboten ein, welche euch Briefe von der Familie und Freunden schicken. Ihr könnt auf diese wiederum antworten; außerdem liegen manchen Briefen Geld und Items (abhängig vom Elternberuf) bei. Auf Geschriebenes sollte man antworten, da sich sonst das Verhältnis zum Absender verschlechtert. Moogles nehmen übrigens keinen Schaden von besagtem Nebel.
An Gegnern kann man viele Final-Fantasy-Klassiker erwarten, wobei einige Designs denen aus Final Fantasy IX sehr stark ähneln. So trifft man unter anderem auf: Goblin, Slime, Cockatrice, Coeurl (Quahl), Lizardman, Lizard King, Giant Crab, Ahriman, Wolframator und Morbol.
Summons kommen im Übrigen nicht im Spiel vor.

Für die Musik im Spiel ist Kumi Tanioka zuständig, die seit 1998 bei Square arbeitet und zuletzt an der Musikkomposition von Final Fantasy XI teilnahm. Das, was man im Spiel hören kann, klingt alles sehr angenehm und idyllisch (siehe Musikbeispiel in der "Files"-Sektion). Die japanische Sängerin Yae hat außerdem den Theme Song "Kazenone" für das Spiel aufgenommen.
Hauptverantwortlicher für das Projekt ist jedoch Akitoshi Kawazu, der zuletzt die Entwicklung von Unlimited: SaGa leitete. Charakter-Designer ist schließlich Toshiyuki Itahana, der mit Murase und Nagasawa zusammen dieselbe Position bei Final Fantasy IX und vorherigen sowie der Chocobo-Serie einnahm. Insgesamt verantwortlich ist das "Game Designer Studio", eine Tochterfirma von Square Enix, die sich um die Nintendo-Projekte kümmert.
Kawazu erwähnte zudem einmal, dass Nintendo-Mastermind Shigeru Miyamoto an einigen Stellen Ratschläge gab, während Hironobu Sakaguchi das Spiel Anfang Mai 2003 noch nicht einmal gesehen hatte...